MBR 的结构是由独立于操作系统的约定定义的。 前 446 个字节为程序代码保留。 它们通常保存部分引导加载程序或操作系统选择器。 随后的 64 个字节为最多包含 4 项的分区表提供空间（请参见第 8.5.7.1 节 “分区类型”）。 分区表包含有关硬盘分区和文件系统类型的信息。 操作系统需要使用此表来处理硬盘。 如果 MBR 中有传统通用代码，则只应将一个分区标记为活动。 MBR 的最后两个字节包含静态“幻数”(AA55)。 一些 BIOS 会将包含不同值的 MBR 视为无效，因此引导时不会考虑此 MBR。

引导扇区是硬盘分区（除扩展分区之外）上的前几个扇区，扩展分区只充当其他分区的“容器”。 引导扇区具有 512 字节的空间，引导扇区储存用于引导安装在各个分区上的操作系统的代码。 这适用于经过格式化的 DOS、Windows 和 OS/2 分区的引导扇区，这些扇区还包含文件系统的一些重要的基本数据。 相比之下，Linux 分区的引导扇区在设置文件系统（而不是 XFS）之后最初是空的。 因此，即使 Linux 分区包含内核和有效的 root 文件系统，它也不能通过自身进行引导。 储存了引导系统的有效代码的引导扇区具有与 MBR 中的最后两个字节 (AA55) 相同的幻数。