請勿將這兩種語言混淆。Java 來自 Sun Microsystems，是一種以物件為導向且獨立於平台的程式設計語言。它通常使用於在網際網路上執行的小型程式 (applet)，如用在線上銀行、聊天和購物等。JavaScript 是一種解譯的指令碼語言，主要用於網頁的動態建構，例如選單和其他效果。
Konqueror 讓您可以啟用或關閉這兩種語言。甚至可以用網域指定的方式來完成，代表您可以允許某些主機的存取權而封鎖其他主機的存取權。Java 和 JavaScript 通常因為安全性因素而關閉。不幸地，某些網頁必須要有 JavaScript 才能正確顯示。