若要修改 Tomboy 的偏好設定，請在 GNOME 面板的 Tomboy 圖示 (
) 上按一下滑鼠右鍵，然後選取。您可以在相應的分頁中設定與、、以及相關的偏好設定。
對話方塊中的分頁可讓您設定與筆記編輯相關的選項。
編輯偏好設定包含以下幾項：
- 輸入時檢查拼字
以紅色底線標示拼字錯誤的文字，並在右鍵功能表中提供建議。
- 強調顯示 WikiWords
為片語「
就像這樣」建立連結。按一下連結會建立新的筆記，其標題即為連結文字。- 使用自訂字型
設定筆記中要使用的自訂字型。如果此選項停用，則會使用預設的系統字型。
- 新增筆記範本
設定用於新建立之筆記的預設文字。
對話方塊中的分頁可用於設定在 Tomboy 中執行不同功能的全域按鍵組合。若要設定按鍵組合，必須選定核取方塊。按 Alt+H 可開啟或關閉此選項。
熱鍵偏好設定包含以下幾項：
- 顯示筆記功能表
指定開啟筆記功能表的按鍵組合。
- 開啟「從這裡開始」
指定用於開啟「從這裡開始」筆記 (隨 Tomboy 預先安裝) 的按鍵組合。
- 建立新筆記
指定建立新筆記的按鍵組合。
- 開啟「搜尋所有筆記」：
指定開啟對話方塊的按鍵組合。
對話方塊中的分頁可讓您共用筆記、發佈筆記、接收發佈以及從其他 Tomboy 例項獲取筆記。此功能可以在某些情況下提供幫助，例如當您想在桌上型電腦或筆記型電腦上執行的 Tomboy 個別例項中處理單獨的一組筆記時。
同步化偏好設定包含以下幾項：
- 服務
指定同步檔案的位置。預設可選取本地資料夾或 WebDAV 伺服器。若要同步至遠端位置，請按一下分頁，然後選取+，然後按一下。這會將選項新增至下拉式功能表中。
為選定的服務指定所需資訊，然後按一下。
- 進階
指定當偵測到本地筆記與同步伺服器上設定的筆記間存在衝突時所執行的動作。您可以選擇在發生衝突時顯示提示，重新命名本地筆記，或用同步伺服器上的筆記取代本地筆記。
- 清除
清除目前的同步設定。如果選擇清除同步設定，則在儲存新的設定時可能需要再次同步筆記。
若要同步筆記，請在任一開啟的筆記中按一下+。
「模組」標籤頁可讓您啟用並設定 Tomboy 模組 (之前稱作外掛程式)。Tomboy 包含多個預先安裝的模組，例如 Backlinks、Bugzilla Links、Evolution Mail Integration、Export to HTML、Fixed Width、Note of the Day、Printing Support 以及 Sticky Notes Importer。
已安裝模組的清單會顯示在「模組」標籤頁的左側。若要啟用或停用模組，請選取所需的外掛程式，然後按一下或。
其他模組可在 Tomboy 模組頁面中找到。請將新的模組放入 $HOME/.tomboy/addins 資料夾。