Älä sekoita näitä kahta kieltä toisiinsa. Java on käyttöympäristöstä riippumaton olio-ohjelmointikieli, jonka on luonut Sun Microsystems. Sitä käytetään usein pienissä ohjelmissa (sovelmissa), joita suoritetaan Internetissä, kuten pankin toiminnoissa, keskustelussa ja ostosten tekemisessä. JavaScript on tulkittu komentokieli, jota yleensä käytetään luomaan Web-sivujen dynaaminen rakenne, kuten valikot ja muut tehosteet.
Voit ottaa käyttöön tai poistaa käytöstä nämä kaksi kieltä Konquerorissa. Tämä voidaan tehdä jopa toimialueittain, eli voit myöntää käyttöoikeuden joillekin palvelimille ja estää käytön muilta. Java ja JavaScript ovat usein poissa käytöstä tietoturvasyistä. Jotkin Web-sivut eivät kuitenkaan näy oikein ilman JavaScriptiä.