È opportuno evitare che questi due linguaggi vengano confusi. Java è un linguaggio di programmazione indipendente dalla piattaforma e orientato agli oggetti di Sun Microsystems. È molto utilizzato per piccoli programmi (applet) eseguiti su Internet per servizi bancari in linea, commercio elettronico e chat. Javascript è un linguaggio di scripting interpretato che viene utilizzato principalmente per creare la struttura dinamica delle pagine Web (ad esempio per i menu e altri effetti).

Konqueror consente di attivare e disattivare questi due linguaggi anche in base alle specifiche del dominio, consentendo l'accesso ad alcuni host e rifiutandolo ad altri. Per motivi di sicurezza, Java e JavaScript sono spesso disattivati. Tuttavia, per la visualizzazione corretta di alcune pagine Web è richiesta l'attivazione di JavaScript.