Linux fa distinzione tra gli utenti “normali” e il “super utente”. Il super utente, chiamato root, si occupa di tutti gli aspetti amministrativi del sistema e ha accesso incondizionato a tutti i file e le parti del sistema. Gli utenti normali non hanno questi privilegi.

Tutti gli utenti, incluso il super utente hanno una propria directory home dove sono salvati tutti i dati privati come i documenti, i segnalibri e la posta elettronica. L'accesso in scrittura a queste directory è strettamente limitato all'utente proprietario. Alcune cartelle contenenti dati sensibili nella home dell'utente non sono accessibili neanche in lettura agli altri utenti (eccetto il super utente). Le directory di sistema che ospitano i file di configurazione o i file eseguibili sono accessibili solo al super utente. Per ulteriori informazioni sul concetto di utente in Linux e sui permessi d'accesso, fate riferimento a Sezione 19.2, “Utenti e diritti di accesso”.

Sebbene questo concetto possa sembrare all'inizio molto scomodo, è fondamentale per raggiungere il livello di sicurezza tipico dei sistemi Linux. Un utente senza privilegi di root non ha la possibilità di danneggiare il sistema nel suo complesso. Qualsiasi danno è confinato all'area dati e all'account dell'utente. Qualsiasi operazione compiuta con i privilegi di root potrebbe potenzialmente rovinare l'intero sistema. Chiunque abbia intenzione di danneggiare un sistema Linux, deve in prima istanza, acquisire i privilegi di root. Questo è uno dei motivi per cui è molto difficile creare virus informatici per Linux, questi devono in primo luogo superare la barriera di root.

Così come offre differenti identità per l'amministratore e per lgi utenti normali, Linux supporta l'uso simultaneo di un computer da parte di numerosi utenti che lavorano via terminale o tramite connessioni di rete.