Da non confondere: Java è un linguaggio di programmazione della Sun Microsystems, orientato agli oggetti e indipendente dalla piattaforma. Viene spesso usato per piccoli programmi, chiamati Applet, eseguibili sull'Internet (ad esempio, per l'online banking, le chat, i sistemi di commercio elettronico, ecc.). JavaScript, invece, è un linguaggio di script interpretato, usato soprattutto per la creazione di siti web dinamici (ovvero dotati di menu ed effetti vari).

Konqueror vi permette di disattivare o attivare entrambi i linguaggi, addirittura a seconda dei domini: potete così permettere l'accesso ad alcuni server e ad altri no. Per particolari esigenze di sicurezza può essere consigliabile disattivare completamente sia Java che JavaScript. Purtroppo, alcuni siti non funzionano bene o del tutto senza JavaScript.