Linux distingue les utilisateurs « ordinaires » du superutilisateur. Le superutilisateur, appelé root, s'occupe de toutes les tâches d'administration et peut accéder à toutes les parties du système. Les utilisateurs normaux n'ont pas ces privilèges.

Tous les utilisateurs, y compris le superutilisateur, ont leur répertoire personnel où toutes leurs données privées(documents, marques-page, messages électroniques...) sont enregistrées. L'accès en écriture à ces répertoires personnels est strictement limité à leur propriétaire. Il est même possible que des sous-répertoires d'un répertoire personnel contenant des données sensibles ne puissent pas être lus par d'autres utilisateurs. Les répertoires système contenant la configuration globale ou les fichiers exécutables ne sont accessibles et modifiables que par le superutilisateur. Pour plus d'informations à propos des permissions sous Linux et du concept d'utilisateurs reportez-vous à Section 19.2, « Utilisateurs et droits d'accès ».

Même si ce concept peut ne pas paraître très séduisant au premier abord, il améliore la sécurité. Un utilisateur sans privilèges root ne peut pas endommager le système. Tout dommage causé est strictement limité au compte et aux données personnelles de l'utilisateur. Toute opération exécutée avec les privilèges root peut potentiellement compromettre le système dans son ensemble. Une personne qui a l'intention d'endommager un système Linux doit d'abord obtenir les privilèges de root. C'est pour cette raison qu'il est bien plus difficile de créer des virus pour les systèmes Linux. Ils doivent d'abord passer la barrière du root.

En plus d'offrir des identités utilisateurs différentes pour les administrateurs et les utilisateurs normaux, plusieurs utilisateurs peuvent travailler sur un même système Linux en même temps. Ces utilisateurs peuvent se connecter au système par différents terminaux ou par des connexions réseau.