Malgré leur nom, ne confondez pas ces deux langages : Java est un langage de programmation orienté objet de Sun Microsystems, indépendant de la plate-forme. Il est fréquemment utilisé pour les petits programmes (appelés applets) qui sont exécutés via l'Internet, par exemple pour les transactions bancaires en ligne, les discussions ou le commerce électronique. JavaScript est un langage de script interprété que l'on utilise principalement pour la structuration dynamique de pages web (par exemple, pour les menus et autres effets).

Konqueror vous permet d'activer ou de désactiver ces deux langages, et cela même de manière sélective en tenant compte du domaine. Cela signifie qu'ils peuvent être activés pour certains hôtes et désactivés pour les autres. Java et Javascript sont fréquemment désactivés pour des raisons de sécurité. Certaines pages web ont malheureusement besoin de JavaScript pour s'afficher de manière satisfaisante.