Les calques sont un aspect très important de GIMP. En dessinant des parties de votre image sur des calques séparés, changez, déplacez ou supprimez ces parties sans endommager le reste de l'image. Pour comprendre comment fonctionnent les calques, imaginez une image créée à partir d'une pile de feuilles transparentes. Les différentes parties de l'image sont dessinées sur différentes feuilles. La pile peut être réorganisée en changeant les pièces qui sont sur le dessus. Les différents calques ou groupes de calques peuvent changer de position en déplaçant des sections de l'image à d'autres endroits. De nouvelles feuilles peuvent être ajoutées et d'autres mises de côté.
Faites appel au dialogue pour voir les calques disponibles dans une image. L'outil texte crée automatiquement des calques de texte spéciaux lorsqu'il est utilisé. Le calque actif est surligné. Les boutons situés au bas du dialogue offrent un certain nombre de fonctions. D'autres sont disponibles dans le menu qui s'ouvre lors d'un clic droit sur un calque dans le dialogue. Les deux espaces d'icône avant le nom d'image servent à inverser la visibilité de l'image (icône en forme d'œil si elle est visible) et pour fusionner des calques. Les calques fusionnés sont identifiés par l'icône de chaîne et déplacés en tant que groupe.
Seuls les calques avec transparence (un canal alpha) peuvent être placés au-dessus d'autres calques en une pile. Pour ajouter celui-ci à un calque, il suffit d'un clic droit et de le choisir dans le menu.
GIMP comporte trois modes d'image — RVB, Niveau de gris et Indexé. RVB est un mode de couleur normal et le meilleur pour éditer la plupart des images. Le niveau de gris est utilisé pour les images en noir et blanc. Indexé limite les couleurs dans l'image à un nombre défini. On l'emploie surtout pour les images GIF. Si vous avez besoin d'une image indexée, il est normalement préférable d'éditer l'image en RVB puis de la convertir en indexé juste avant de l'enregistrer. Si vous enregistrez dans un format qui exige une image indexée, GIMP vous propose d'indexer l'image au moment de son enregistrement.
GIMP offre une large palette de filtres et de scripts pour ajouter des effets spéciaux à une image ou pour créer des manipulations artistiques. Ils sont disponibles dans et . L'expérimentation est le meilleur moyen de découvrir ce qui est à votre disposition. dans la boîte à outils offre un certain nombre d'éléments pour créer des boutons et des logos, entre autres.