Dans ce format UNIX traditionnel (le plus ancien, d'ailleurs), tous les messages sont enregistrés dans un fichier. Les répertoires sont également simulés par des fichiers individuels. Les messages sont différenciés les uns des autres à l'aide de la ligne From.

Contrairement au format mbox, le format MailDir attribue un nom de fichier différent à chaque message. Les messages sont enregistrés dans les sous-répertoires créés et sont ainsi très faciles à identifier et à traiter. Par défaut, KMail utilise ce format. Cependant, il n'est pas (encore) supporté par beaucoup d'autres applications de messagerie électronique. Ceci peut être un inconvénient au cas où vous changeriez plus tard de programme de messagerie. Par contre, les messages au format mbox peuvent sans problème être transféré et traité dans un dossier MailDir.