Malgré leur nom, ne confondez pas ces deux langages : Java est un langage de programmation orienté objet de Sun Microsystems, indépendant de la plate-forme. Il est fréquemment utilisé pour les petits programmes (dits applets) qui sont exécutés via Internet, par exemple pour les transactions bancaires en ligne, les discussions ou le commerce électronique. JavaScript est un langage de script interprété que l'on utilise principalement pour la création dynamique de pages web (par exemple, pour les menus et autres effets).

Konqueror vous permet d'activer ou de désactiver ces deux langages, et ceci même de manière sélective en tenant compte du domaine. Cela signifie qu'ils peuvent être activés pour une machine et désactivés pour les autres. Si vous avez des exigences élevées en matière de sécurité du système, il est recommandé de désactiver complètement Java et JavaScript. Certaines pages web requièrent malheureusement JavaScript pour leur affichage, ce qui, dans ce cas, rend la navigation plus difficile dans de telles pages.