No confunda estos dos lenguajes. Java es un lenguaje de programación orientado a objetos, una plataforma independiente de Sun Microsystems. Se usa constantemente para pequeños programas (applets) que se ejecutan vía Internet para realizar, por ejemplo, operaciones bancarias en línea, chatear y sistemas de compra electrónica. Sin embargo, JavaScript es un lenguaje de script interpretado que se usa principalmente para la estructura dinámica de páginas web (por ejemplo para menús u otros efectos).

Konqueror le permite activar o desactivar estos dos lenguajes, incluso sobre un dominio específico (permitiendo así el acceso sólo a ciertos ordenadores). Si desea un sistema con un alto nivel de seguridad, desactive completamente Java y JavaScript. Aunque por desgracia, ciertas páginas web requieren JavaScript para ser visualizadas adecuadamente.