Linux unterscheidet zwischen „gewöhnlichen“ Benutzern und dem Super-User, welcher root genannt wird. Er kümmert sich um alle Aufgaben der Systemverwaltung und hat Zugriff auf alle Bereiche des Systems. Normale Benutzer verfügen nicht über diese Befugnisse.

Alle Benutzer einschließlich des Super-Users haben ihre eigenen Benutzerverzeichnisse (auch Home-Verzeichnisse genannt), in denen alle privaten Daten, wie Dokumente, Lesezeichen oder e-Mail-Nachrichten, gespeichert werden. Der Schreibzugriff auf diese Benutzerverzeichnisse ist streng auf ihre entsprechenden Besitzer beschränkt. Ordner, die persönliche Daten enthalten, können auch gegen das Lesen durch andere Benutzer geschützt werden. Die Systemverzeichnisse, die die zentralen Konfigurationsdateien oder ausführbare Programme enthalten, können nur durch den Super-User geändert werden. Weitere Informationen über das Konzept von Zugriffsrechten und Benutzern unter Linux stehen in Abschnitt 19.3, „Benutzer und Zugriffsrechte“.

Während dieses Konzept zunächst nicht sehr ansprechend wirkt, erhöht es die Sicherheit. Jeglicher verursachte Schaden ist auf das eigene Konto und die Daten des Benutzers beschränkt. Jeder mit root-Rechten ausgeführter Vorgang kann das ganze System gefährden. Wenn jemand ein Linux-System zu schädigen versucht, braucht er dazu root-Rechte. Deswegen ist es viel schwieriger, Viren für Linux zu entwickeln.

Über die Trennung von Benutzerkonten für Systemverwalter und normale Benutzer hinaus, unterstützt Linux die gleichzeitige Nutzung eines Rechners durch mehrere Benutzer. Diese Benutzer können das System über verschiedene Terminals oder Netzwerkverbindungen ansprechen.