La riparazione automatica esegue categoricamente tutte le verifiche e i test. Pertanto, si consiglia di ricorrervi solo quando non si sa dove e quale sia il danno. Se, invece, sapete già quale parte del sistema è danneggiata, potete ridurre il numero di verifiche del programma: nel dialogo iniziale, scegliete ‘Riparazione personalizzata’ e vi verrà mostrata una lista di gruppi di test, con tutte le caselle contrassegnate da una crocetta. Se la lasciate così, quindi, la riparazione personalizzata avrà l'identica portata di quella automatica. Se sapete di sicuro quale settore del sistema non è danneggiato, potete escluderlo dalle verifiche, deselezionandone la casella. Dopodiché, cliccate su ‘Avanti’ e verrà avviata un'analisi (a seconda dei casi, anche notevolmente) più breve di quella automatica. Attenzione: non tutti i gruppi possono essere deselezionati singolarmente: ad esempio, la verifica del contenuto di fstab viene sempre fatta insieme a quella dei file system e delle partizioni swap. Se necessario, sarà ad assicurare il rispetto di queste dipendenze, selezionando automaticamente il numero di verifiche strettamente necessarie all'esecuzione di un determinato test.