Se sorgono dei problemi dovuti alla mancanza di spazio sul disco, potete cancellare i file oggetto (object file) creati durante la compilazione del kernel:

cd /usr/src/linux 
make clean

Se avete però spazio a sufficienza sul disco, e avete intenzione di riconfigurare spesso il kernel, saltate quest'ultimo punto. Quando ricompilerete il kernel, durerà di meno, poiché vengono ricompilate solo quelle parti del sistema soggette a modifiche.