La struttura interna del file system che assicura un certo ordine e la disponibilità dei dati sul disco rigido. In un certo senso si tratta di “dati su altri dati”. Quasi ogni file system ha una propria struttura di meta-dati. La differenza in termini di funzionalità dei singoli file system è da ricercare in questo ambito. E' estremamente importante mantenere intatti i meta-dati, altrimenti potrebbe andare distrutto l'intero file system.

Gli inode contengono tutte le possibili informazioni sui file: nome, dimensione, numero dei link, data, orario di generazione, modifiche, diritti di accesso e puntatori (ingl.pointer) su blocchi del disco rigido su cui risiede il file.

Nel contesto dei file system, il cosiddetto journal è una struttura interna del disco con una specie di protocollo in cui il driver del file system registra i (meta)dati del file system da modificare. Il “journaling” riduce notevolmente il tempo necessario per ripristinare un sistema Linux, poiché il driver del file system non deve cercare i meta-dati andati distrutti su tutto il disco, gli basta invece rileggere le registrazioni del journal.