Die Struktur des MBR ist durch eine vom Betriebssystem unabhängige Konvention festgelegt. Die ersten 446 Byte sind für Programmcode reserviert. Hier wird normalerweise der Bootloader gespeichert, in unserem Falle also GRUB. Die nächsten 64 Byte bieten Platz für eine Partitionstabelle mit bis zu vier Einträgen (siehe Abschnitt 1.5.4.1, „Partitionstypen“. Die Partitionstabelle enthält Informationen, über die Aufteilung der Festplatte und den Typ des Dateisystems. Das Betriebssystem benötigt diese Tabelle, um die Festplatte korrekt anzusprechen. Die letzten zwei Byte des MBR müssen eine feste „magische Zahl“ (AA55) enthalten. Ein MBR, der dort etwas anderes stehen hat, wird vom BIOS und von allen PC-Betriebssystemen als ungültig angesehen.

Bootsektoren sind die jeweils ersten Sektoren der Festplatten-Partitionen, außer bei der erweiterten Partition, die nur einen „Behälter“ für andere Partitionen darstellt. Diese Bootsektoren bieten 512 Byte Platz und sind für den Code gedacht, der ein auf dieser Partition befindliches Betriebssystem starten kann. Dies gilt für Bootsektoren formatierter DOS-, Windows- oder OS/2-Partitionen, die zusätzlich noch wichtige Grunddaten des Dateisystems enthalten. Im Gegensatz dazu sind Bootsektoren von Linux-Partitionen nach dem Anlegen eines Dateisystems erst einmal leer. Eine Linux-Partition ist daher nicht von selbst bootfähig, auch wenn sie einen Kernel und ein gültiges Root-Dateisystem enthält. Ein Bootsektor mit gültigem Code zum Booten des Systems weist in den letzten zwei Byte dieselbe „magische“ Kennung wie der MBR auf (AA55).