MBR 的結構是由作業系統 (獨立會議) 所定義。前 446 位元組是保留給程式碼。它們通常具有開機載入器程式，在這個例子中為 GRUB。接下來的 64 位元組提供多達四個分割區表格的空間 (請參閱節 1.7.1.1, "分割區類型" (↑啟動))。分割區表包含硬碟分割以及檔案系統類型相關資訊。作業系統需要此表格來處理硬碟。在 MBR 的 GRUB 階段 1，實際上只有一個分割區必須標示作用中。MBR 的最後兩個位元組必須包含靜態的"魔術編號" (AA55)。包含不同值的 MBR 都會被 BIOS 視為無效。

開機磁區是除了擴充分割區以外，硬碟分割區的第一個磁區，它只會當成其他分割區的「容器」。這些開機磁區有 512 位元組的空間供程式碼使用，而這些程式碼是用來啟動各自分割區中安裝的作業系統。此適用於 DOS、Windows 和 OS/2 分割區格式的開機磁區，它們也包含檔案系統的部份重要基本資料。相反的，Linux 分割區的開機磁區一開始是空白，直到設定不同於 XFS 的檔案系統之後，才會寫入記錄。因此，Linux 分割區無法自行啟動，即使它包含核心以及有效的根檔案系統。開機磁區如果包含可以啟動系統的有效程式碼，則它的魔術編號與 MBR 的最後兩個位元組相同 (AA55)。