GNOMEデスクトップの相互運用性を高めるために、デフォルトのWebブラウザ、メーラー、端末アプリケーションを設定することができます。これらのアプリケーションは、別のGNOMEアプリケーションがこれらの機能を必要にするときいつでも起動できなければなりません。それには、［アプリケーション］+［ユーティリティ］+［デスクトップ］+［Preferred Applications］の順にクリックします。

［Web Browser］［Mail Reader］、または［Terminal］で、デフォルトで使用するアプリケーションの名前を選択します。たとえば、［Web Browser］でデフォルトのブラウザをFirefoxに設定すると、メール内のリンクをクリックしたときFirefoxが起動されます。［Custom］をクリックして、アプリケーションのコマンドをカスタマイズすることもできます。［Preferred Applications］で行った設定はすべて、GNOMEアプリケーションにのみ適用されます。