Výchozí nastavení xntp respektuje jako referenční čas lokální hodiny počítače. Použití těchto (BIOS) hodin je však pouze náhradní řešení pro případ, kdy není dostupný spolehlivější zdroj. Nejjednodušší způsob, jak přistupovat k časovému serveru, je zadat server do položky server v konfiguračním souboru /etc/ntp.conf. Např. pokud má být čas synchronizován podle serveru ntp.example.com, do souboru /etc/ntp.conf vložte řádek server ntp.example.com.

Chcete-li používat serverů více, vložte pro každý z nich samostatný řádek začínající klíčovým slovem server. Po spuštění xntpd příkazem rcxntpd start trvá asi hodinu, než se čas stabilizuje a vytvoří se drift soubor korigující lokální hardwarové hodiny. Pomocí drift souboru lze spočítat a opravit systematickou chybu hardwarových hodin okamžitě po spuštění počítače. Tím je zajištěna vysoká stabilita systémového času.

Jsou dva možné způsoby využití NTP na klientovi. Prvním je dotazovaní se na přesný čas na časovém serveru v pravidelných intervalech. Pokud je ale klientů hodně, může to pro server znamenat velkou zátěž. Druhou možností je čekat na vysílání časových údajů servery v síti. Nevýhodou je, že kvalita vysílajícího serveru není známá a server vysílající nesprávné časové údaje může způsobit vážné problémy.

Pokud je čas vysílán po síti, nepotřebujete znát jméno serveru. Stačí do souboru /etc/ntp.conf vložit řádek broadcastclient. Chcete-li používat pouze jeden nebo několik známých serverů, vložte jejich jména do řádky začínající slovem servers.