V GNOME si můžete nastavit výchozí webový prohlížeč, poštovní klient, terminál a další aplikace, které se automaticky spouští, pokud jiná GNOME aplikace potřebuje jejich pomoc. Chcete-li toto nastavení upravit, zvolte z hlavního panelu Aplikace+Pomůcky+Prostředí+Preferované aplikace.

Na jednotlivých kartách zvolte výchozí aplikace pro dané funkce. Pokud například na kartě Prohlížeč WWW zvolíte z nabídky Firefox, bude se Firefox automaticky spouštět kdykoliv kliknete na webový odkaz v e-mailu. Můžete rovněž zvolit Vlastní a nastavit přesný příkaz pro spouštění aplikace. Veškerá zde provedená nastavení se týkají pouze GNOME aplikací.