El sistema de marcadores es muy diferente del método jerárquico de carpetas usado por la mayoría de los navegadores. Este diseño es conforme a dos principios: Construir un navegador con el interfaz más simple posible.Evitar la necesidad de que el usuario recuerde direcciones de sitios que quiera visitar.La forma jerárquica de organizar marcadores no funciona bien para la mayoría de la gente. En vez de esta aproximación, Epiphany sigue una aproximación parecida a una base de datos . Una dirección referente a un marcador se almacena con algunos metadatos asociados con ella. Estos metadatos se usan entonces para encontrar el marcador después. Las versiones futuras de Epiphany proporcionarán formas útiles de buscar y extraer marcadores usando esta base de datos.En el sistema de marcadores de Epiphany, las direcciones se organizan asociando cada dirección con uno o más temas. Por ejemplo, si uno fuera a almacenar un marcador para La página de desarrolladores de GNOME, en cualquier otro navegador, el usuario quizá lo almacenaría bajo la siguiente jerarquía:
Development -> GNOME -> Página de desarrolladores de GNOME
En Epiphany, la misma página podría asociarse con dos temas:
Desarrollo -> Página de desarrolladores de GNOME
GNOME -> Página de desarroladores de GNOME
Ahora el usuario puede acceder a su marcador tecleando el tema «GNOME» o «Desarrollo» en la barra de direcciones. El usuario puede también teclear cualquiera de las palabras «Gnome», «desarrolladores», «página» o «inicial» en la barra de dirección. Cualquiera de esos métodos despliega una lista conteniendo el marcador requerido. Para todas las formas de acceder a los marcadores, vea el Epiphany sólo permite un único nivel de temas. Los temas no pueden tener sub-temas.
