Система закладок Epiphany дещо відрізняється від методу розташування ієрархічних папок, який реалізовано у більшості веб-переглядачів. Вона побудована на двох принципах: Максимально простий інтерфейс побудови переглядача.Звільнення користувачів від необхідності запам'ятовувати адреси сайтів, які вони хочуть відвідати.Ієрархічний спосіб побудови закладок не задовольняє потреби більшості людей. Натомість підхід Epiphany подібний до бази даних. Адреса зберігається у закладці разом з асоційованими метаданими. Потім ці метадані використовуються для пошуку закладки. У наступних версіях Epiphany буде впроваджено зручні механізми пошуку закладок у цій базі даних.У системі закладок Epiphany адреси впорядковані за їх відношенням до однієї або більше категорій. Наприклад, якщо хтось зберігає закладку на GNOME Developers home page, у будь-якому іншому переглядачі, може розташувати її у наступній ієрархії:У Epiphany, одна й та сама сторінка може бути пов'язана з двома категоріями:
Розробка -> домашня сторінка розробників GNOME
GNOME -> домашня сторінка розробників GNOME
Тепер користувач може дістатись закладки набравши "GNOME" або "Development" у полі вводу адреси. Також користувач може набрати у полі вводу адреси будь-яке зі слів "GNOME", "developers", "home" or "page". Будь-який з цих методів розкриє список з потрібними закладками. Всі шляхи відкривання закладок розглянуті у Epiphany має лише один рівень категорій. Ці категорії не можуть мати під-категорій.
