Epiphany のブックマークシステムはほとんどのブラウザで使われている階層化ファイルフォルダとは大きく異なっています。 この設計は二つの設計原理に沿っています: 可能な限り単純なインターフェースのブラウザをつくるユーザーに希望のサイトのアドレスを覚えさせる必要を避けるブックマーク整理の階層化による方法はほとんどの人にとってうまく行きません。 このアプローチの代りに Epiphany はデータベースに似た方法を使っています。 ブックマークのアドレスはそれと関連付けられたメタデータと一緒に保存されます。 このメタデータは後でブックマークをみつけるのに使われます。 Epiphany の将来のバージョンではこのデータベースを使ってブックマークを検索し、 みつけるための便利な方法を提供する予定です。Epiphany のブックマークシステムではアドレスはそれぞれについて一つまたはより多くのトピックと関連付けられて整理されます。 例えば、GNOME Developers home page のブックマークを保存する場合、他のどのブラウザでもおそらくユーザーはそれを次のように階層化して保存するでしょう:
Development -> GNOME -> GNOME developers home page
Epiphany では同じページを二つのトピックに関連付けられます:
Development -> GNOME developers home page
GNOME -> GNOME developers home page
これでユーザーはトピック "GNOME"、"Development" のどちらをアドレスバーに入力してもこのブックマークにアクセスできるようになります。 またアドレスバーに入力するキーワードは "GNOME"、"developers"、"home"、"page" のいずれでも良いのです。 これらのどの語句でも求めるブックマークを含むリストが選り分けられます。 ブックマークにアクセスするすべての方法を知りたければ  を参照して下さい。Epiphany ではト単一なトピックの階層だけです。サブトピックはつくれません。
