Pääasiassa kirjanmerkkejä muokataan kirjanmerkit-ikkunan avulla.  kertoo, miten tämä ikkuna avataan. Ikkunan voi myös avata suoraan työpöydältä käynnistämättä selainta. Erillinen ikkuna kirjanmerkkien järjestelyyn on, koska näin samaan yhteyteen mahtuu paljon muokkaus- ja etsintätoimintoja. Kirjanmerkit-ikkunasta voi muun muassa muokata kirjanmerkkien nimiä, lisätä aiheita, poistaa kirjanmerkkejä, liittää kirjanmerkkejä aiheisiin vetämällä niitä hiirellä ja muokata kirjanmerkkien muita ominaisuuksia.The bookmarks can also be accessed by: Kun aiheen kirjoittaa selainikkunan osoitepalkkiin, avautuu valikko, jossa ovat aiheeseen liittyvät kirjanmerkit.Osoitepalkkiin kirjoitettua hakusanaa vastaavat kirjanmerkit näkyvät myös avautuvassa valikossa.Kaikki kirjanmerkkien aiheet näkyvät Kirjanmerkit-valikossa. Kutakin aihetta vastaa alivalikko, joka sisältää siihen liittyvät kirjanmerkit. Tämä on perinteinen tapa käyttää kirjanmerkkejä, ja on mukana yhteensopivuuden vuoksi.Kirjanmerkkejä voi käyttää myös kirjanmerkkipalkin avulla. Sen saa näkyviin valitsemalla NäytäKirjanmerkkipalkki. Aluksi palkissa ei ole kirjanmerkkejä. Näkyvät kirjanmerkit voi valita käyttämällä kirjanmerkit-ikkunaa. Näin esimerkiksi useimmin tarvitut kirjanmerkit saa nopeasti käytettäviksi.
