Linux 會區分「一般」使用者與超級使用者。超級使用者稱為 root，負責所有的管理工作，且能存取整個系統。一般使用者則不具有這些權限。

包括超級使用者在內的所有使用者，皆有自己的主目錄，可存放所有的個人資料，例如，文件、書籤或電子郵件。這些主目錄的寫入權限僅限於所屬的擁有者。在主目錄的資料夾包含私人的資料，也可以保護不受其他使用者的讀取存取。系統目錄存放了只有超級使用者能夠修改的中央組態檔案或執行檔。如需有關 Linux 許可權與使用者概念的詳細資訊，請參閱 節 27.2, "使用者和存取許可權" (↑參考)。

雖然此一概念乍看之下似乎無關緊要，但是卻可提高安全性。不具有 root 權限的使用者，將無法對整個系統造成傷害。若有任何傷害，僅局限於使用者自身的帳戶與資料。以 root 權限所執行的任何作業，皆可能危及整個系統。若有人企圖破壞執行中的 Linux 系統，首先必須取得 root 權限。這正是為何很難針對 Linux 系統建立病毒的原因。病毒首先必須克服 root 權限的障礙。

Linux 除了為管理員與一般使用者提供不同的使用者身份之外，同時也支援在同一部電腦上的多人作業。這些使用者可透過不同的終端機或網路連線，來連線至系統。