Linux 中有“普通”用户和超级用户之分。超级用户（称为 root）负责各项管理任务并有权访问系统的各个部分。普通用户则不具备这些权限。

包括超级用户在内的所有用户都拥有自己的用户主目录，其中储存所有私人数据，如文档、书签或电子邮件。只有用户主目录的拥有者才拥有这些用户主目录的写权限。用户主目录中包含敏感数据的文件夹甚至禁止其它用户读取。包含核心配置文件或可执行文件的系统目录只能由超级用户修改。有关 Linux 权限和用户概念的详细信息，请参见第 27.2 节 “用户和访问权限” (↑参考)。

尽管这个概念乍看起来可能并不是太吸引人，但它却增强了安全性。不具备 root 权限的用户无法危害整个系统。造成的任何损坏都仅限于用户自己的帐户和数据。使用 root 权限执行的任何操作都有可能危害整个系统。企图危害正在运行的 Linux 系统的任何人必须首先获取 root 权限。这就是为什么制造危害 Linux 系统的病毒难上加难的原因。恶意用户必须首先越过根用户屏障。

在授予管理员和普通用户不同用户身份的同时，Linux 还支持多个用户在一台计算机上同时工作。这些用户可以通过不同终端或网络连接与系统相连。