MBR 的结构是由独立于操作系统的约定确定的。前 446 个字节为程序代码保留。它们通常保存有引导装载程序，在本例中为 GRUB。随后的 64 个字节为最多包含 4 项的分区表提供空间（请参见第 1.8.1.1 节 “分区类型” (↑启动)）。分区表包含有关硬盘分区和文件系统类型的信息。操作系统需要使用此表来处理硬盘。MBR 的最后两个字节包含静态“幻数”(AA55)。包含不同值的 MBR 被 BIOS 和所有计算机操作系统视为是无效的。

引导扇区是硬盘分区（除扩展分区之外）上的前几个扇区，扩展分区只充当其它分区的“树枝”。引导扇区具有 512 字节的空间，引导扇区储存用于引导安装在各个分区上的操作系统的代码。这适用于经过格式化的 DOS、Windows 和 OS/2 分区的引导扇区，这些扇区还包含文件系统的一些重要的基本数据。相比之下，Linux 分区的引导扇区在设置文件系统之后最初是空的。因此，即使 Linux 分区包含内核和有效的根文件系统，它也不能通过自身进行引导。储存了引导系统的有效代码的引导扇区具有与 MBR 中的最后两个字节 (AA55) 相同的幻数。