A estrutura do MBR é definida por uma convenção que independe do sistema operacional. Os primeiros 446 bytes são reservados para o código do programa. Em geral, eles mantêm o programa do carregador de boot, neste caso, o GRUB. Os 64 bytes seguintes fornecem espaço para uma tabela de partição de até quatro entradas (consulte a seção Seção 1.8.1.1, “Tipos de partição” (↑Inicialização)). A tabela de partição contém informações sobre o particionamento do disco rígido e sobre o tipo de sistema de arquivos. O sistema operacional precisa dessa tabela para lidar com o disco rígido. Os dois últimos bytes do MBR devem conter um “número mágico” estático (AA55). O MBR que contém um valor diferente é registrado como inválido pela BIOS e por todos os sistemas operacionais que rodam em PCs.

Os setores de boot são os primeiros setores das partições do disco rígido, com a execução da partição estendida, que serve meramente como “container” para outras partições. Esses setores de boot têm 512 bytes de espaço para o código usado para inicializar um sistema operacional instalado na partição respectiva. Isso se aplica aos setores de boot das partições formatadas do DOS, Windows e OS/2, que também contêm alguns dados básicos importantes do sistema de arquivos. Por outro lado, os setores de boot das partições do Linux estão inicialmente vazias depois de se configurar um sistema de arquivos. Portanto, uma partição do Linux não é inicializável por si mesma, mesmo que contenha um kernel e um sistema válido de arquivos raiz. Um setor de boot com código válido para inicializar o sistema tem o mesmo número mágico que o MBR em seus dois últimos bytes (AA55).