MBRの構造は、オペレーティングシステムに依存しない規則に従って定義されます。 最初の446バイトは、プログラムコード用に予約されています。 通常、この領域にはブートローダプログラム(この場合はGRUB)が保持されます。次の64バイトは、最大4つのエントリからなるパーティションテーブル用のスペースです(項1.8.1.1. 「パーティションのタイプ」 (↑起動)を参照)。パーティションテーブルには、ハードディスクのパーティション分割とファイルシステムのタイプに関する情報が含まれています。オペレーティングシステムでハードディスクを処理するには、このテーブルが必要です。MBRの最後の2バイトは、静的な「マジックナンバー」(AA55)を含む必要があります。異なる値を含むMBRは、BIOSおよびすべてのPCのオペレーティングシステムにより無効と見なされます。

ブートセクタは、拡張パーティションを除くハードディスクパーティションの最初のセクタであり、その他のパーティションの「「コンテナ」」として機能するだけです。これらのブートセクタのうち512バイトのスペースは、関連パーティションにインストールされているオペレーティングシステムをブートするためのコードが占有します。これは、フォーマット済みのDOS、Windows、およびOS/2パーティションのブートセクタに該当し、ファイルシステムの重要な基本データも一部含まれています。これに対して、Linuxパーティションのブートセクタは、ファイルシステムの設定直後は空になっています。そのため、Linuxパーティションは、カーネルと有効なルートファイルシステムが含まれている場合にも、単独ではブートできません。システムブート用の有効なコードを含むブートセクタの場合、最後の2バイトにはMBRと同じマジックナンバー(AA55)があります。