In Linux viene fatta distinzione tra utenti «normali» e superutenti. Il superutente, noto anche come utente root, svolge tutte le attività amministrative e può accedere a tutte le parti del sistema. Gli utenti normali non dispongono di tali privilegi.

Tutti gli utenti incluso il superutente dispongono della propria home directory contenente tutti i dati privati, come documenti, segnalibri o e-mail. L'accesso in scrittura a queste home directory è esclusivamente riservato al proprietario. Anche le cartelle in una home directory contenenti dati sensibili possono essere protette contro l'accesso in scrittura di altri utenti. Le directory di sistema contenenti i file di configurazione centrali o file eseguibili possono essere modificate solo dal superutente. Per ulteriori informazioni sulle autorizzazioni Linux e il concetto di utente, vedere la Sezione 27.2, «Utenti e autorizzazioni di accesso» (↑Riferimento).

Sebbene il concetto non sia molto comodo, esso contribuisce a migliorare la sicurezza. Un utente senza privilegi root non può danneggiare l'intero sistema. Il danno eventualmente causato sarà limitato al conto e ai dati dell'utente. Tutte le operazioni eseguite con privilegi root possono in teoria danneggiare l'intero sistema. Chiunque intenda danneggiare un sistema Linux deve prima accedere ai privilegi root. Questo è il motivo per cui è molto più difficile creare virus per i sistemi Linux; questi devono prima superare l'ostacolo utente root.

Oltre a consentire la creazione di più identità utente per amministratori e utenti normali, Linux supporta più utenti che lavorano su uno stesso computer contemporaneamente. Questi utenti possono connettersi al sistema tramite terminale o connessioni di rete.