Linux distingue les utilisateurs « ordinaires » d'un superutilisateur. Le superutilisateur, nommé root, prend en charge toutes sortes de tâches administratives et peut accéder à toutes les parties du système. Les utilisateurs ordinaires n'ont pas ces privilèges.

Tous les utilisateurs, y compris le superutilisateur, ont leurs propres répertoires personnels contenant toutes leurs données privées, telles que les documents, signets ou e-mails. L'accès en écriture à ces répertoires personnels est strictement limité à leurs propriétaires respectifs. Les dossiers d'un répertoire personnel contenant des données sensibles peuvent également être protégés contre l'accès en lecture par d'autres utilisateurs. Les répertoires système contenant des fichiers de configuration centrale ou des fichiers exécutables ne peuvent être modifiés que par le superutilisateur. Pour plus d'informations sur les autorisations Linux et le concept d'utilisateur, consultez la Section 27.2, « Utilisateurs et autorisations d'accès » (↑Référence).

Si ce concept ne semble pas très séduisant à première vue, il accroît la sécurité. Un utilisateur ne possédant pas de privilèges root ne peut endommager l'ensemble du système. Tout dommage est strictement limité au compte et aux données de l'utilisateur qui l'a causé. Toute opération exécutée avec des privilèges root peut nuire à l'ensemble du système. Toute personne tenant de nuire à un système Linux en cours d'exécution doit d'abord obtenir les privilèges root. C'est la raison pour laquelle il est plus difficile de créer des virus pour les systèmes Linux. Il faut d'abord franchir la barrière root.

En plus d'offrir différentes identités d'utilisateur aux administrateurs et aux utilisateurs ordinaires, Linux prend en charge plusieurs utilisateurs travaillant simultanément sur une même machine. Les utilisateurs peuvent se connecter au système via différents terminaux ou connexions réseau.