La estructura del MBR está definida por una convención independiente del sistema operativo. Los primeros 446 bytes se reservan para el código del programa. Normalmente, contienen el programa del cargador de arranque, en este caso, GRUB. Los siguientes 64 bytes proporcionan espacio para una tabla de partición de hasta cuatro entradas (consulte la Sección 1.8.1.1, “Tipos de partición” (↑Inicio)). La tabla de partición contiene información acerca del particionamiento del disco duro y del tipo de sistema de archivos. El sistema operativo necesita esta tabla para gestionar el disco duro. Los dos últimos bytes del MBR deben contener un “número mágico” estático (AA55). El BIOS y todos los sistemas operativos de los equipos consideran inválido el MBR que contenga un valor diferente.

Los sectores de arranque son los primeros sectores de las particiones del disco duro, con la excepción de la partición extendida, que sirve sólo de “contenedor” para las demás particiones. Estos sectores de arranque tienen 512 bytes de espacio para el código utilizado para arrancar un sistema operativo instalado en su partición respectiva. Esto se aplica a los sectores de arranque de particiones formateadas de DOS, Windows y OS/2, que también contienen algunos datos básicos importantes del sistema de archivos. Por el contrario, los sectores de arranque de las particiones de Linux están al principio vacías después de configurar un sistema de archivos. Por tanto, una partición de Linux no se arranca por sí misma, incluso aunque contenga un núcleo y un sistema válido de archivos raíz. Un sector de arranque con código válido para arrancar el sistema MBR tiene el mismo número mágico que el MBR en sus últimos dos bytes (AA55).