Spustitelné soubory nemají v Linuxu žádnou příponu, podle které by se daly jednoduše odlišit od ostatních souborů. Zda se jedná nebo nejedná o spustitelný program si rozhoduje sám Linux. Soubory, které jsou odhaleny jako spustitelné programy, pak např. v prostředí KDE budou symbolizovány ikonou ozubeného kola.
Programy můžete spouštět několika různými způsoby. Pokud se program nachází v nabídce, stačí ho vyhledat a spustit. Dále můžete program spustit z příkazové řádky nebo v okně spouštění programů, které v KDE vyvoláte současným stisknutím kláves Alt + F2.
Naprostá většina operačních systémů mezi sebou není binárně kompatibilní. Znamená to, že program určený pro jeden operační systém spustíte pouze na tomto operačním systému a na žádném jiném spustit nepůjde. Kupodivu to nutně neznamená, že se musíte se svými starými programy se změnou systému rozloučit. Linux totiž nabízí celou řadu emulátorů. Je jich dokonce tolik, že nebylo možné všechny umístit do distribuce.
Samozřejmě se může stát, že se vám program určený pro jiný systém nepodaří spustit. V takovém případě máte stále ještě možnost zakoupit některé z komerčních řešení, které umožňuje běh jiného operačního systému přímo v prostředí Linuxu.